Análisis in silico de la capacidad de dos técnicas de PCR para la detección del gen stx.

Escherichia coli productor de toxina Shiga es un patógeno emergente cuyo principal factor de virulencia son las toxinas Shiga (Stx). Estas toxinas se clasifican en 6 tipos (1, 2, 2c, 2d, 2e y 2f) que agrupan a 22 variantes. En Argentina, se validaron dos técnicas de PCR para la detección de los gene...

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Detalles Bibliográficos
Autores principales: Galli, Lucía, Leotta, Gerardo Aníbal, Gugliada, M.J., Rivas, M.
Formato: Articulo
Lenguaje:Español
Publicado: 2008
Materias:
Ciencias Veterinarias
Escherichia coli
Toxina Shiga
PCR
Bioinformática
Acceso en línea:http://sedici.unlp.edu.ar/handle/10915/96197
https://ri.conicet.gov.ar/11336/82455
http://www.scielo.org.ar/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0325-75412008000100003
Aporte de:
SEDICI (UNLP) de Universidad Nacional de La Plata
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description Escherichia coli productor de toxina Shiga es un patógeno emergente cuyo principal factor de virulencia son las toxinas Shiga (Stx). Estas toxinas se clasifican en 6 tipos (1, 2, 2c, 2d, 2e y 2f) que agrupan a 22 variantes. En Argentina, se validaron dos técnicas de PCR para la detección de los genes stx, PCR-MK y PCR múltiple. El objetivo del trabajo fue analizar mediante el uso de herramientas bioinformáticas la capacidad de dichas técnicas para detectar las variantes génicas de stx, y demostrar experimentalmente la amplificación de aquellas que causan mayor impacto en Salud Pública. Se recopilaron 25 secuencias nucleotídicas de la base de datos de GenBank correspondientes a 21 variantes de Stx. Se utilizó el programa BLAST 2 sequences para analizar la complementariedad de las bases nucleotídicas entre las secuencias de las variantes y las secuencias de los cebadores utilizados en las PCR estudiadas. La técnica de PCR-MK permite detectar los tipos stx1, stx2, stx2c, stx2d y stx2f, aunque no permite detectar el tipo stx2e y 3 variantes del tipo stx2c. La PCR múltiple permite detectar los tipos stx1, stx2, stx2c, stx2d, pero no los tipos stx2e y stx2f. Se demostró experimentalmente que ambas técnicas de PCR son apropiadas para la detección de las variantes que están asociadas a enfermedad severa en el hombre.
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