Predicción de haplogrupos a partir de software: palabras de precaución

Los linajes del cromosoma Y se establecen a través de SNP y STR, que proveen los correspondientes haplogrupo y haplotipo. En la antropología molecular la determinación del haplogrupo revela las relaciones filogenéticas por descendencia, y existe interés por encontrar formas de predecir el haplogrupo...

Descripción completa

Guardado en:

Detalles Bibliográficos
Autores principales:	Muzzio, Marina, Ramallo, Virginia, Motti, Josefina María Brenda, Santos, María Rita, López Camelo, Jorge Santiago, Bailliet, Graciela
Formato:	Objeto de conferencia Resumen
Lenguaje:	Español
Publicado:	2009
Materias:	Antropología Haplotipos Bioestadística
Acceso en línea:	http://sedici.unlp.edu.ar/handle/10915/16006
Aporte de:	SEDICI (UNLP) de Universidad Nacional de La Plata

id	I19-R120-10915-16006
record_format	dspace
institution	Universidad Nacional de La Plata
institution_str	I-19
repository_str	R-120
collection	SEDICI (UNLP)
language	Español
topic	Antropología Haplotipos Bioestadística
spellingShingle	Antropología Haplotipos Bioestadística Muzzio, Marina Ramallo, Virginia Motti, Josefina María Brenda Santos, María Rita López Camelo, Jorge Santiago Bailliet, Graciela Predicción de haplogrupos a partir de software: palabras de precaución
topic_facet	Antropología Haplotipos Bioestadística
description	Los linajes del cromosoma Y se establecen a través de SNP y STR, que proveen los correspondientes haplogrupo y haplotipo. En la antropología molecular la determinación del haplogrupo revela las relaciones filogenéticas por descendencia, y existe interés por encontrar formas de predecir el haplogrupo a partir de un haplotipo cuando los datos de SNP no están disponibles. Los programas informáticos Haplogroup Predictor y el Haplogroup Classifier realizan esta predicción. El objetivo de este trabajo fue evaluar la fiabilidad en la predicción de haplogrupos a partir de 119 muestras de haplotipo y haplogrupo conocido, provenientes de poblaciones argentinas. Para corroborar la fiabilidad de ambos programas se computaron estimaciones cuantitativas de la calidad predictiva de mediante el coeficiente de incerteza U(y\|x), la sensibilidad (s), la especificidad (e) y los "likelihood ratios" positivos (LR+) y negativos (LR-), En el Haplogroup Predictor e=0,88; s=0,5; LR+=4,21; LR-=0,6; para el Haplogroup Classifier e=0,92; s=0,45; LR+= 5,99 y el LR-=0,59. Nuestros resultados para U(y\|x) fueron 0,244 (o 24,4%) para el Haplogroup Predictor y 0,207 (o 20,7%) para el Haplogroup Classifier. En otras palabras, el porcentaje de información por tipificación de SNP que coincide con los resultados de estos programas es sólo entre un 20% y 25%. Los valores predictivos no resultan adecuados, los softwares mostraron altas probabilidades de asignar un haplogrupo incorrecto, lo que determinaron valores predictivos no confiables. Esta baja fiabilidad probablemente se deba tanto a que no hay suficientes perfiles de STR con haplogrupos asociados para calibrad adecuadamente los programas, pero también a que, dada la recurrencia en las mutaciones de los STR, es factible encontrar haplotipos idénticos por convergencia. Por el momento, la definición mediante SNP es la única forma adecuada de establecer el haplogrupo del cromosoma Y de un individuo dado.
format	Objeto de conferencia Resumen
author	Muzzio, Marina Ramallo, Virginia Motti, Josefina María Brenda Santos, María Rita López Camelo, Jorge Santiago Bailliet, Graciela
author_facet	Muzzio, Marina Ramallo, Virginia Motti, Josefina María Brenda Santos, María Rita López Camelo, Jorge Santiago Bailliet, Graciela
author_sort	Muzzio, Marina
title	Predicción de haplogrupos a partir de software: palabras de precaución
title_short	Predicción de haplogrupos a partir de software: palabras de precaución
title_full	Predicción de haplogrupos a partir de software: palabras de precaución
title_fullStr	Predicción de haplogrupos a partir de software: palabras de precaución
title_full_unstemmed	Predicción de haplogrupos a partir de software: palabras de precaución
title_sort	predicción de haplogrupos a partir de software: palabras de precaución
publishDate	2009
url	http://sedici.unlp.edu.ar/handle/10915/16006
work_keys_str_mv	AT muzziomarina predicciondehaplogruposapartirdesoftwarepalabrasdeprecaucion AT ramallovirginia predicciondehaplogruposapartirdesoftwarepalabrasdeprecaucion AT mottijosefinamariabrenda predicciondehaplogruposapartirdesoftwarepalabrasdeprecaucion AT santosmariarita predicciondehaplogruposapartirdesoftwarepalabrasdeprecaucion AT lopezcamelojorgesantiago predicciondehaplogruposapartirdesoftwarepalabrasdeprecaucion AT baillietgraciela predicciondehaplogruposapartirdesoftwarepalabrasdeprecaucion
bdutipo_str	Repositorios
_version_	1764820463400255488

Predicción de haplogrupos a partir de software: palabras de precaución

Ejemplares similares