Secuencia nucleotídica completa del Adenovirus 7h : análisis de los polimorfismos del gen del hexón de los Adenovirus circulantes en Buenos Aires entre los años 1990-2002

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Los Adenovirus circularon en el período 1999-2002 durante todo el año,registrándose un mayor número de casos en el período invernal de bajatemperatura y primaveral con cambios de temperatura frecuentes. El diagnóstico virológico se realizó tempranamente luego de la internaciónsiendo la bronquiolitis...

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Detalles Bibliográficos
Autor principal: Barrero, Paola Roxana
Formato: Tesis Doctoral
Lenguaje:Español
Publicado: 2004
Acceso en línea:https://hdl.handle.net/20.500.12110/tesis_n3717_Barrero
Aporte de:
Biblioteca Digital - Facultad de Ciencias Exactas y Naturales (UBA) de Universidad de Buenos Aires
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spelling todo:tesis_n3717_Barrero2023-10-03T12:43:00Z Secuencia nucleotídica completa del Adenovirus 7h : análisis de los polimorfismos del gen del hexón de los Adenovirus circulantes en Buenos Aires entre los años 1990-2002 Barrero, Paola Roxana Los Adenovirus circularon en el período 1999-2002 durante todo el año,registrándose un mayor número de casos en el período invernal de bajatemperatura y primaveral con cambios de temperatura frecuentes. El diagnóstico virológico se realizó tempranamente luego de la internaciónsiendo la bronquiolitis el diagnóstico clínico al ingreso más frecuente. Seregistró un mayor número de casos en menores de 12 meses y la evolución engeneral fue favorable registrándose 9 casos fatales en un total de 362 muestrasanalizadas. Se encontró una correlación negativa de grado medio con respecto a latemperatura, indicando un aumento en el número de casos cuando el registrotérmico desciende. En cuanto a la humedad relativa y el índice UVB, la relaciónno es tan clara aunque es siempre de grado menor. Este parece ser unparámetro no necesariamente asociado a la aparición de casos de Adenovirus. El análisis filogenético del hexón completo permitió agrupar las muestrasfatales y las separó de las graves y leves en el periodo 1990-1999. El análisisde las regiones hipervariables en el período 1990-2002 posicionó a lasmuestras analizadas en el cluster GTC2 junto al AV7h. La secuencia completa del AV7h se llevó a cabo por una estrategia deensamblado de 8 contigs que permitieron elaborar una secuencia consenso de 35259 pb. con un porcentaje G+C del 51%. Se conservaron intactos los genespara las regiones tempranas, intermedias y tardías. El análisis filogenéticoubicó al genoma AV7h junto con el AVB con el que tiene una homología del 84%. Se hallaron ORFs relacionados con proteínas pulmonares que podríaninducir autoanticuerpos o daño pulmonar crónico postviral. In Argentina, Adenovirus 7h (AV7h) has been frequently associated with fatalcases and chronic lung disease. In to order to understand the characteristics of AV7h we accomplished the entire reference sequencing and analysed samplepolymorphism in the hexon gene from a twelve-year period (1990-2002). Nasopharyngeal aspirates from children with acute lower respiratory infectionswere characterized by multiplex-PCR. Primers were designed and PCRswere performed to obtain the full genome for the reference 7h strain 87-922 andthe entire hexon gene or hipervariable regions for samples. Amplicons weresequenced, contigs were aligned, a consensus full-length sequence wasobtained for the reference strain 87-922 and phylogenetic relationships forhexon gene were inferred by maximum-likelihood criteria. Overall differencesbetween AV7h hexon gene and prototype for serotype 7 (Gomen) sequencewere <4% at nucleotide level and <3.5% at amino acid level. Phylogeneticanalysis clustered together fatal cases apart from severe and mild cases. Theentire genome was completed in 8 contigs with 44, 16, 7, 15, 14, 26, 18 and 15primer reactions respectively. AV7h was 35263 bp in length and had a GCcontent of 51% and genes from the early, intermediate, and late regions werepresent in the expected human adenovirus locations. The genome differs fromprototype strain for AVB (subspecie B2) in 16%, and 4% from vaccinal strain AV7(subspecie B1). This work constitutes the first attempt to elucidateintragenotypic variations within AV7h and to reveal particular features of thisstrain. Fil: Barrero, Paola Roxana. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina. 2004 Tesis Doctoral PDF Español info:eu-repo/semantics/openAccess https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar https://hdl.handle.net/20.500.12110/tesis_n3717_Barrero
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