Identificación de patrones de expresión génica en plantas rutáceas bajo estrés biótico mediante análisis de conglomerados.

El objetivo de este trabajo es analizar la expresión génica obtenida de diferentes interacciones entre plantas y patógenos utilizando la tecnología de los microarreglos. En un primer paso se normalizaron los datos, con el fin de identificar y remover fuentes de variación sistemáticas. Una vez normal...

Descripción completa

Detalles Bibliográficos
Autores principales: Papa, Lucía, Quaglino, Marta Beatriz, Dianda, Daniela Fernanda, Orellano, Elena, Daurelio, Lucas
Otros Autores: Secretaría de Ciencia y Tecnología. Facultad de Ciencias Económicas y Estadística. Universidad Nacional de Rosario
Formato: conferenceObject documento de conferencia
Lenguaje:Español
Publicado: 2017
Materias:
Conglomerados
Expresión génica
Fold change
Microarreglos
Acceso en línea:http://hdl.handle.net/2133/7628
http://hdl.handle.net/2133/7628
Aporte de:
Aportado por : Repositorio Hipermedial de la Universidad Nacional de Rosario (UNR) de Universidad Nacional de Rosario .
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description El objetivo de este trabajo es analizar la expresión génica obtenida de diferentes interacciones entre plantas y patógenos utilizando la tecnología de los microarreglos. En un primer paso se normalizaron los datos, con el fin de identificar y remover fuentes de variación sistemáticas. Una vez normalizados los datos, se realizaron comparaciones de interés entre las interacciones planta-patógeno analizadas, con el objetivo de identificar aquellos genes que se expresaron de manera diferencial. Para esto fue utilizado el ajuste de modelos lineales para la creación de contrastes evaluados a través de la prueba “t” y el método “fold change”, específico para este tipo de datos. Los resultados de las diferentes comparaciones se unificaron en una gran base de datos. De dicha base fueron detectados aquellos genes diferencialmente expresados en al menos un tratamiento. En un paso posterior, con el grupo de genes diferencialmente expresados se realizó un análisis de conglomerados a fin de identificar patrones de comportamiento o co-expresión de los genes. Tanto el análisis como la construcción de los algoritmos para el armado y manipulación de las bases de datos se llevó a cabo utilizando el software estadístico R.
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