Modeling heme proteins using atomistic simulations

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Heme proteins are found in all living organisms, and perform a wide variety of tasks ranging from electron transport, to the oxidation of organic compounds, to the sensing and transport of small molecules. In this work we review the application of classical and quantum-mechanical atomistic simulatio...

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Autor principal: Bikiel, D.E
Otros Autores: Boechi, L., Capece, L., Crespo, A., De Biase, P.M, Di Lella, S., González Lebrero, M.C, Martí, M.A, Nadra, A.D, Perissinotti, L.L, Scherlis, D.A, Estrin, D.A
Formato: Capítulo de libro
Lenguaje:Inglés
Publicado: 2006
Acceso en línea:Registro en Scopus
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Biblioteca Central Dr. Luis F. Leloir (FCEN) de Universidad de Buenos Aires
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520 3 |a Heme proteins are found in all living organisms, and perform a wide variety of tasks ranging from electron transport, to the oxidation of organic compounds, to the sensing and transport of small molecules. In this work we review the application of classical and quantum-mechanical atomistic simulation tools to the investigation of several relevant issues in heme proteins chemistry: (i) conformational analysis, ligand migration, and solvation effects studied using classical molecular dynamics simulations; (ii) electronic structure and spin state energetics of the active sites explored using quantum-mechanics (QM) methods; (iii) the interaction of heme proteins with small ligands studied through hybrid quantum mechanics-molecular mechanics (QM-MM) techniques; (iv) and finally chemical reactivity and catalysis tackled by a combination of quantum and classical tools. © the Owner Societies.  |l eng 
593 |a Departamento de Química Inorgánica, Analítica y Química Física, INQUIMAE-CONICET, Pabellón II, Buenos Aires, (C1428EHA), Argentina 
593 |a Instituto Superior de Investigaciones Biológicas (INSIBIO), CONICET- Facultad de Bioquímica, Química y Farmacia, Universidad Nacional de Tucumán, Chacabuco 461, San Miguel de Tucuman, (T4000ILI), Argentina 
690 1 0 |a HEMOPROTEIN 
690 1 0 |a LIGAND 
690 1 0 |a ARTICLE 
690 1 0 |a CHEMICAL MODEL 
690 1 0 |a CHEMISTRY 
690 1 0 |a COMPUTER SIMULATION 
690 1 0 |a HYDROGEN BOND 
690 1 0 |a PROTEIN CONFORMATION 
690 1 0 |a QUANTUM THEORY 
690 1 0 |a COMPUTER SIMULATION 
690 1 0 |a HEMEPROTEINS 
690 1 0 |a HYDROGEN BONDING 
690 1 0 |a LIGANDS 
690 1 0 |a MODELS, CHEMICAL 
690 1 0 |a PROTEIN CONFORMATION 
690 1 0 |a QUANTUM THEORY 
700 1 |a Boechi, L. 
700 1 |a Capece, L. 
700 1 |a Crespo, A. 
700 1 |a De Biase, P.M. 
700 1 |a Di Lella, S. 
700 1 |a González Lebrero, M.C. 
700 1 |a Martí, M.A. 
700 1 |a Nadra, A.D. 
700 1 |a Perissinotti, L.L. 
700 1 |a Scherlis, D.A. 
700 1 |a Estrin, D.A. 
773 0 |d 2006  |g v. 8  |h pp. 5611-5628  |k n. 48  |p Phys. Chem. Chem. Phys.  |x 14639076  |t Physical Chemistry Chemical Physics 
856 4 1 |u https://www.scopus.com/inward/record.uri?eid=2-s2.0-33845332038&doi=10.1039%2fb611741b&partnerID=40&md5=e39ea04332e6811a11c197e790d3df98  |y Registro en Scopus 
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