Optimización en el cálculo de perfiles de energía libre. Desarrollo y aplicación a reacciones de interés biológico
Uno de los objetivos principales de la química es comprender los principios que rigenlas reacciones, tanto en términos de sus mecanismos como en la termodinámicaque las gobierna. Utilizando dinámica molecular, en combinación con esquemas demuestreo sesgado, es posible simular y obtener perfiles de e...
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| Autor principal: | |
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| Otros Autores: | |
| Formato: | Tesis doctoral publishedVersion |
| Lenguaje: | Español |
| Publicado: |
Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales
2016
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| Materias: | |
| Acceso en línea: | https://hdl.handle.net/20.500.12110/tesis_n6125_Ramirez http://repositoriouba.sisbi.uba.ar/gsdl/cgi-bin/library.cgi?a=d&c=aextesis&d=tesis_n6125_Ramirez_oai |
| Aporte de: |
| Sumario: | Uno de los objetivos principales de la química es comprender los principios que rigenlas reacciones, tanto en términos de sus mecanismos como en la termodinámicaque las gobierna. Utilizando dinámica molecular, en combinación con esquemas demuestreo sesgado, es posible simular y obtener perfiles de energía libre asociados a eventosque incluyen desde reacciones químicas en entornos complejos (en solución y/o enzimas)hasta movimientos conformacionales proteicos. Los primeros requieren un tratamientocuántico, al menos del sitio activo, por lo que los métodos híbridos cuántico-clásicos sonlos escogidos. Mientras que para los segundos es posible emplear campos de fuerza clásicos,atomísticos o de grano grueso. Sin embargo, el costo computacional de la obtenciónde dichos perfiles es muy elevado para la gran mayoría de los sistemas biológicos, inclusoimposibilitando en algunos casos su obtención. Siendo que en un perfil de energía libre seobtiene toda la termodinámica relevante para el sistema, y por ende todos los parámetrosasociados de importancia, subsanar esta imposibilidad es de suma importancia. En estatesis se realizaron desarrollos teóricos que permiten obtener perfiles de energía libre enmenor tiempo computacional, para diversos niveles de teoría, permitiendo así el estudiotermodinámico de procesos alostéricos y mecanismos de reacción de sistemas biológicosrelevantes. |
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